Caulimoviridae -Caulimoviridae

Caulimoviridae
Virusten luokittelu e
(järjestämättä): Virus
Valtakunta : Riboviria
Kuningaskunta: Pararnavirae
Pylum: Artverviricota
Luokka: Revtraviricetes
Tilaus: Ortervirales
Perhe: Caulimoviridae

Caulimoviridae onkasveja tartuttavien virusten perhe. Tähän perheeseen kuuluu 94 lajia, jotka on luokiteltu 11 sukuun. Caulimoviridae- heimoon kuuluvia viruksiakutsutaan kaksijuosteiseksi DNA: ksi (dsDNA) käänteiskopioiviksi viruksiksi (tai pararetroviruksiksi) eli viruksiksi, jotka sisältävät käänteiskopiointivaiheen replikaatiosyklissä. Tämä perhe sisältää kaikkidsDNA -genomin omaavat kasvivirukset , joiden elinkaarissa on käänteiskopiointivaihe.

Taksonomia

Seuraavat suvut tunnustetaan:

Viruksen hiukkasrakenne

Kaikki tämän perheen virukset ovat vaipattomia. Virushiukkaset ovat joko bakteeri- tai isometrisiä. Virusrakenteeseen sisällytetty nukleokapsidin tyyppi määrittää viruspartikkelien koon. Bacilliform -hiukkaset ovat halkaisijaltaan noin 35–50 nm ja jopa 900 nm pitkiä. Isometristen hiukkasten halkaisija on keskimäärin 45–50 nm ja niillä on ikosaedrinen symmetria.

Genomin rakenne ja replikaatio

Genominen kartta CaMV: stä , joka on tämän perheen hyvin tutkittu jäsen. ORF: 1-liikeproteiini, 2-kirvan siirtotekijä, 3-virioniin liittyvä proteiini, 4-gag-kapsidi, 5-pro/pol- A3-proteaasi ja RT/RNaasi H, 6-transaktivaattori/viroplasmiini. MP, CP, PRO, POL ovat yleisiä tässä perheessä. Järjestely vaihtelee.

Tämän perheen virusten genomit sisältävät yksipartiittisen, ei-kovalenttisesti suljetun pyöreän dsDNA: n, jonka koko on 7,2–9,3 kbp, ja epäjatkuvuuksia molemmissa genomiketjuissa tietyissä paikoissa. Nämä genomit sisältävät yhden avoimen lukukehyksen (ORF), kuten havaittiin petuviruksissa , kahdeksaan ORF: ään, kuten soymoviruksiin . Viruksen genomien koodaamia proteiineja ovat käänteiskopioijaentsyymi -ribonukleaasi H, asparagiiniproteaasit , nukleokapsidit ja transaktivaattorit.

Replikointi tapahtuu sekä sytoplasmassa että isäntäsolujen ytimessä. Ensinnäkin viruksen genomi tulee sytoplasmaan . Viruksen DNA muodostaa superkelatut minikromosomirakenteet tullessaan isäntäytimeen, missä se transkriboidaan polyadenyloituun RNA: han, joka on lopulta redundantti (johtuen transkriptiosta, joka esiintyy kahdesti joillekin DNA-osille). Äskettäin transkriptoitu RNA tulee sytoplasmaan, jossa se joko käännetään virusproteiineiksi tai viruksen käänteiskopioijakirjoituksella transkriptoidaan uudelleen uusiin kopioihin dsDNA -virusgenomista . Uudet dsDNA -genomit kapseloidaan sytoplasmaan ja vapautetaan.

Replikointiprosessi sisältää retro-transkriptiovaiheen ja RNA-välituotteen, joten Caulimoviridae- perheen viruksia ei pidetä todellisina dsDNA- viruksina- sen sijaan niitä kutsutaan DNA-käänteiskopioiviksi viruksiksi. Heillä on tämä ominaisuus retrovirusten kanssa . Kuitenkin, toisin kuin retrovirukset, virusten perheen Caulimoviridae eivät vaadi integroitumista viruksen genomiin isäntiensä jotta replikoitua ja tästä syystä niiden genomiin ei koodaa entsymaattisen proteiinin integraasin .

Endogeenisten viruselementtien (EVE) esiintyminen kasvien genomeissa on yleistä. ja tunnetuimmat kasvien EVE: t ovat peräisin viruksista, joilla on Caulimoviridae -perheen DNA -genomeja . Integraation uskotaan tapahtuvan ei-homologisen loppuliitoksen (laittoman rekombinaation) kautta DNA-korjausmekanismien aikana. Useimmat kasvien EVE: t eivät ole tarttuvia. Kuitenkin tarttuvia Caulimoviridae EVE: itä on raportoitu petunian ( Petunia -laskimoiden puhdistusvirus ), banaanin ( Banana -putki OL -virus , Banana Streak GF -virus , Banana Streak IM -virus) ja Nicotiana edwardsonii ( Tupakan laskimoiden puhdistusvirus ) genomissa .

Viitteet

Ulkoiset linkit