CHEMBL - ChEMBL

CHEMBL
Chembl logo.png
Sisältö
Kuvaus Biologinen tietokanta
Tietotyypit
kiinni		 Molekyylit, joilla on lääkkeen kaltaisia ​​ominaisuuksia ja biologinen aktiivisuus
Ottaa yhteyttä
Tutkimuskeskus Euroopan molekyylibiologian laboratorio
Laboratorio Yhdistynyt kuningaskunta Euroopan bioinformatiikan instituutti
Tekijät Andrew Leach, tiiminvetäjä 2016– nykyhetki; John Overington, joukkueenjohtaja 2008-2015
Ensisijainen lainaus PMID  21948594
Julkaisupäivä 2009
Pääsy
Verkkosivusto CHEMBL
Lataa URL -osoite Lataukset
Verkkopalvelun URL -osoite ChEMBL -verkkopalvelut
Sparql -päätepiste ChEMBL EBI-RDF -alusta
Sekalaisia
Lisenssi ChEMBL-tiedot ovat saatavilla Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License -lisenssillä
Versiointi CHEMBL_28

ChEMBL tai ChEMBLdb on manuaalisesti kuratoitu kemiallinen tietokanta on bioaktiivisten molekyylien kanssa lääkkeen kaltaisia ominaisuuksia. Sitä ylläpitää European Bioinformatics Institute (EBI), Euroopan molekyylibiologian laboratorio ( EMBL ), joka sijaitsee Wellcome Trust Genome Campus -alueella, Hinxtonissa, Yhdistyneessä kuningaskunnassa.

Tietokannan, joka tunnettiin alun perin nimellä StARlite, kehitti biotekniikkayhtiö nimeltä Inpharmatica Ltd., jonka myöhemmin osti Galapagos NV . Tiedot hankittiin EMBL: lle vuonna 2008 The Wellcome Trustin palkinnolla , minkä seurauksena EMBL-EBI: hen perustettiin ChEMBL- kemogenomiikkaryhmä John Overingtonin johdolla.

Soveltamisala ja pääsy

ChEMBL -tietokanta sisältää yhdisteiden bioaktiivisuustietoja lääkekohteita vastaan. Bioaktiivisuus raportoidaan Ki, Kd, ​​IC50 ja EC50. Tiedot voidaan suodattaa ja analysoida yhdisteiden seulontakirjastojen kehittämiseksi lyijyn tunnistamiseksi lääkkeen löytämisen aikana.

ChEMBL -versio 2 (ChEMBL_02) julkaistiin tammikuussa 2010, sisältäen 2,4 miljoonaa biomääritysmittausta, jotka kattavat 622824 yhdistettä, mukaan lukien 24000 luonnontuotetta. Tämä saatiin kuratoimalla yli 34 000 julkaisua 12 lääketieteellisen kemian aikakauslehdessä. ChEMBL: n kattavuus saatavilla olevista bioaktiivisuustiedoista on kasvanut "kattavimmaksi koskaan julkisessa tietokannassa". Lokakuussa 2010 lanseerattiin ChEMBL -versio 8 (ChEMBL_08), jossa oli yli 2,97 miljoonaa biomääritysmittausta, jotka kattoivat 636 269 yhdistettä.

ChEMBL_10 näki lisäämällä pubchem uudistetun määrityksissä , jotta siihen voidaan sisällyttää tietoja, jotka on verrattavissa tyypistä ja lajista sisältämän datan ChEMBL.

ChEMBLdb voidaan käyttää web -käyttöliittymän kautta tai ladata tiedostonsiirtoprotokollalla . Se on muotoiltu tavalla, joka soveltuu tietokoneistettuun tiedonlouhintaan , ja se pyrkii standardoimaan eri julkaisujen välisiä toimintoja vertailevan analyysin mahdollistamiseksi. ChEMBL on myös integroitu muihin suuriin kemian resursseihin, mukaan lukien PubChem ja Royal Society of Chemistry ChemSpider -järjestelmä .

Liittyvät resurssit

Tietokannan lisäksi ChEMBL -ryhmä on kehittänyt työkaluja ja resursseja tiedon louhintaan. Näitä ovat Kinase SARfari, integroitu kemogenomiikan työpöytä, joka keskittyy kinaaseihin . Järjestelmä sisältää ja linkittää sekvenssin, rakenteen, yhdisteet ja seulontatiedot .

GPCR SARfari on samanlainen työpöytä, joka keskittyy GPCR- lääkkeisiin, ja ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) on arkisto avoimen pääsyn ensisijaiseen seulontaan ja lääketieteelliseen kemiaan, joka on suunnattu Afrikan, Aasian ja Aasian kehittyvien alueiden endeemisiin trooppisiin sairauksiin . Amerikka. ChEMBL-NTD: n ensisijainen tarkoitus on tarjota vapaasti käytettävissä oleva ja pysyvä arkisto- ja jakelukeskus talletetuille tiedoille.

Heinäkuu 2012 ilmestyi uusi malarian datapalvelun arkistoituja 30.7.2016 klo Wayback Machine sponsoroima Medicines for Malaria Venture ( MMV ), jonka tarkoituksena on tutkijoita ympäri maailmaa. Tämän palvelun tiedot sisältävät yhdisteitä Malaria Box -seulontasarjasta sekä muut lahjoitetut malariatiedot, jotka löytyvät ChEMBL-NTD: stä.

myChEMBL , ChEMBL-virtuaalikone, julkaistiin lokakuussa 2013, jotta käyttäjät voivat käyttää täydellistä ja ilmaista, helposti asennettavaa cheminformatics-infrastruktuuria.

Joulukuussa 2013 SureChem-patentti-informaatiotietokannan toiminta siirrettiin EMBL-EBI: lle. Portmanteau'ssa SureChem nimettiin uudelleen SureChEMBL: ksi.

Vuonna 2014 otettiin käyttöön uusi resurssi ADME SARfari - työkalu lajien välisten ADME -tavoitteiden ennustamiseen ja vertaamiseen.

Katso myös

Viitteet

Ulkoiset linkit