HomoloGene - HomoloGene
HomoloGene , Yhdysvaltain kansallisen bioteknologian tiedotuskeskuksen (NCBI) työkalu , on järjestelmä homologien (samanlaisuudesta johtuvan polveutumisesta yhteisestä esi-isästä) automaattiseen havaitsemiseen useiden täysin sekvensoitujen eukaryoottisten genomien kommentoitujen geenien joukossa.
HomoloGene-prosessointi koostuu syötettyjen organismien proteiinianalyysistä. Sekvenssejä verrataan blastp-tekniikalla, sovitetaan sitten yhteen ja laitetaan ryhmiin käyttäen sekvenssien samankaltaisuudesta rakennettua taksonomista puuta, jossa ensin sovitetaan lähemmät sukulaiset organismit ja sitten lisätään muita organismeja puuhun. Proteiinien kohdistukset kartoitetaan takaisin vastaaviin DNA-sekvensseihin, ja sitten etäisyysmetriikat voidaan laskea molekyylietäisyyksinä Jukes ja Cantor (1969) , Ka / Ks-suhde .
Sekvenssit sovitetaan yhteen käyttämällä heuristista algoritmia pisteiden maksimoimiseksi globaalisti, ei paikallisesti, kahdenvälisessä sovituksessa (katso täydellinen kahdenvälinen kaavio ). Ja sitten se laskee kunkin ottelun tilastollisen merkitsevyyden. Katkaisut tehdään sijaintia kohti ja Ks-arvot asetetaan estämään väärien "ortologien" ryhmittely yhteen. "Paralogit" tunnistetaan etsimällä sekvenssejä, jotka ovat lähempänä lajeja kuin muut lajit.
Syöttöorganismit
Metazoa
Selkärangattomat
Homo sapiens , Pan troglodytes , Mus musculus , Rattus norvegicus , Canis lupus familiaris , Bos taurus , Gallus gallus , Xenopus tropicalis , Danio rerio "
Selkärangattomat
" Drosophila melanogaster , Anopheles gambiae , Caenorhabditis elegans "
Sienet
" Saccharomyces cerevisiae , Schizosaccharomyces pombe , Kluyveromyces lactis , Eremothecium gossypii , Magnaporthe grisea , Neurospora crassa "
Kasvit
Dicots
Yksiosaiset
" Oryza sativa "
Protista
Käyttöliittymä
HomoloGene on linkitetty kaikkiin Entrezin tietokantoihin ja perustuu näiden linkkien homologiaan ja fenotyyppiin:
- Mouse Genome Informatics (MGI),
- Zebrafish Information Network (ZFIN),
- Saccharomyces-genomitietokanta (SGD),
- Ortologisten ryhmien klusterit (COG),
- FlyBase ,
- Mendelin online-perintö ihmisessä (OMIM)
Tämän seurauksena HomoloGene näyttää tietoja geeneistä, proteiineista, fenotyypeistä ja säilyneistä domeeneista.
Viitteet
Ulkoiset linkit
- HomoloGene klo National Center for Biotechnology Information
- Bioinformaattinen hakkuukone - Bioinformatic Harvester , metologinen hakukone, joka käyttää homologeenia
- OMIM
- ZFIN
- SGD
- COG
- FlyBase
- MGI
- Rotan genomitietokanta