Lähi -idän hengitystieoireyhtymään liittyvä koronavirus -Middle East respiratory syndrome–related coronavirus

Lähi -idän hengitystieoireyhtymään liittyvä koronavirus
MERS-CoV-hiukkaset negatiivisen tahraelektronimikroskopian perusteella.  Virionit sisältävät viruksellisesta kalvosta tulevia tyypillisiä mailamaisia ​​ulkonemia.
MERS-CoV-hiukkaset negatiivisen tahraelektronimikroskopian perusteella. Virionit sisältävät viruksellisesta kalvosta tulevia tyypillisiä mailamaisia ​​ulkonemia.
Virusten luokittelu e
(järjestämättä): Virus
Valtakunta : Riboviria
Kuningaskunta: Orthornavirae
Pylum: Pisuviricota
Luokka: Pisoniviricetes
Tilaus: Nidovirales
Perhe: Coronaviridae
Suku: Betakoronavirus
Alalaji: Merbekovirus
Laji:
Lähi -idän hengitystieoireyhtymään liittyvä koronavirus

Lähi-idän hengitystieoireyhtymään liittyvä koronavirus ( MERS-CoV ) tai EMC/2012 ( HCoV-EMC/2012 ) on virus, joka aiheuttaa Lähi-idän hengitysoireyhtymää (MERS). Se on koronavirus, joka tartuttaa ihmisiä, lepakoita ja kameleita. Tartunnan aiheuttavan viruksen on vaipallinen , positiivisen-sense , yksijuosteinen RNA-virus , joka tulee sen isäntäsolun sitoutumalla DPP4-reseptoriin . Laji on Betacoronavirus -suvun ja Merbecovirus -suvun jäsen .

Sitä kutsuttiin alun perin yksinkertaisesti uudeksi koronavirukseksi tai nCoV: ksi, ja se raportoitiin ensimmäisen kerran kesäkuussa 2012 sen jälkeen, kun genomin sekvensointi oli saatu viruksen genominäytteistä henkilöltä, joka sairastui vuoden 2012 uuden influenssan kaltaisen hengityselinsairauden puhkeamisen jälkeen. Heinäkuuhun 2015 mennessä MERS-CoV-tapauksia oli raportoitu yli 21 maassa, Euroopassa , Pohjois-Amerikassa ja Aasiassa sekä Lähi-idässä . MERS-CoV on yksi useista viruksista, jotka Maailman terveysjärjestö (WHO) on tunnistanut todennäköiseksi syyksi tulevalle epidemialle. He luettelevat sen kiireelliseen tutkimukseen ja kehittämiseen.

Virologia

Virus MERS-CoV on jäsen beeta ryhmän koronavirus, Betacoronavirus , linjan C MERS-CoV genomit fylogeneettisesti luokitellaan kahteen clades , haaran A ja B. pian tapauksissa olivat haaran klustereita, kun taas suurin osa enemmän viimeaikaiset tapaukset koskevat geneettisesti erillistä luokkaa B.

MERS-CoV on yksi seitsemästä tunnetusta ihmisten tartunnan saaneesta koronaviruksesta, mukaan lukien HCoV-229E , HCoV-NL63 , HCoV-OC43 , HCoV-HKU1 , alkuperäinen SARS-CoV (tai SARS-CoV-1) ja SARS-CoV-2 . Sitä on usein kutsuttu SARS-tyyppiseksi virukseksi. Marraskuuhun 2019 mennessä 2449 MERS -tapausta oli ilmoitettu 858 kuolemantapauksella, mikä tarkoittaa, että kuolleisuus on yli 30%.

Alkuperä

Ensimmäinen vahvistettu tapaus raportoitiin Jeddassa, Saudi -Arabiassa, huhtikuussa 2012. Egyptiläinen virologi Ali Mohamed Zaki eristi ja tunnisti aiemmin tuntemattoman koronaviruksen miehen keuhkoista . Zaki julkaisi havaintonsa 24. syyskuuta 2012 ProMED-sähköpostilla . Eristetyillä soluilla oli sytopaattisia vaikutuksia (CPE) pyöristämisen ja synkytian muodostumisen muodossa.

Toinen tapaus löydettiin syyskuussa 2012, kun Qatarissa asuvalla 49-vuotiaalla miehellä oli samanlaisia ​​flunssan oireita. Virussekvenssi oli lähes identtinen ensimmäisen tapauksen kanssa. Marraskuussa 2012 vastaavia tapauksia ilmeni Qatarissa ja Saudi -Arabiassa. Muita tapauksia havaittiin kuolemantapauksiin liittyen, ja uuden koronaviruksen nopea tutkimus ja seuranta aloitettiin. Ei tiedetä, ovatko infektiot seurausta yksittäisestä zoonoositapahtumasta, jonka jälkeen tartunta on siirtynyt ihmisestä toiseen, vai edustavatko useat maantieteelliset infektioalueet useita zoonoottisia tapahtumia tuntemattomasta yhteisestä lähteestä.

Riiadin yliopiston Ziad Memishin ja hänen kollegoidensa tekemän tutkimuksen mukaan virus on syntynyt jonkin aikaa heinäkuun 2007 ja kesäkuun 2012 välillä, ja ehkä jopa seitsemän erillistä zoonoottista tartuntaa. Eläinten säiliöistä CoV: llä on suuri geneettinen monimuotoisuus, mutta potilailta saadut näytteet ehdottivat samanlaista genomia ja siksi yleistä lähdettä, vaikka tiedot olivat rajalliset. Molekyylikelloanalyysin avulla määritettiin , että EMC/2012- ja Englanti/Qatar/2012 -virukset ovat peräisin vuoden 2011 alkupuolelta, mikä viittaa siihen, että nämä tapaukset ovat peräisin yhdestä zoonoottisesta tapahtumasta. Näytti siltä, ​​että MERS-CoV oli kiertänyt ihmispopulaatiossa yli vuoden ilman havaitsemista, ja ehdotti riippumatonta tartuntaa tuntemattomasta lähteestä.

Tropismi

MERS-CoV: rakenne, kiinnitys, sisäänkäynti ja genominen koostumus

Ihmisillä viruksella on voimakas tropismi ei -sidottujen keuhkoputkien epiteelisolujen suhteen, ja sen on osoitettu kiertävän tehokkaasti luontaisia ​​immuunivasteita ja estävän interferonin (IFN) tuotantoa näissä soluissa. Tämä tropismi on ainutlaatuinen siinä mielessä, että useimmat hengitysvirukset kohdistuvat silmäripsiin.

MERS-CoV: n ja SARS-CoV: n kliinisen samankaltaisuuden vuoksi ehdotettiin, että ne voivat käyttää samaa solureseptoria; eksopeptidaasi, angiotensiiniä konvertoiva entsyymi 2 ( ACE2 ). Myöhemmin kuitenkin havaittiin, että ACE2: n neutralointi yhdistelmä-vasta-aineilla ei estä MERS-CoV-infektiota. Lisätutkimukset tunnistivat dipeptidyylipeptidaasi 4: n ( DPP4 ; tunnetaan myös nimellä CD26 ) toiminnallisena solureseptorina MERS-CoV: lle. Toisin kuin muut tunnetut koronavirusreseptorit, DPP4: n entsymaattinen aktiivisuus ei ole tarpeen infektiolle. Kuten odotettaisiin, DPP4: n aminohapposekvenssi on erittäin konservoitunut lajien välillä ja ilmentyy ihmisen keuhkoputkien epiteelissä ja munuaisissa. Lepakon DPP4-geenit näyttävät olevan alttiina suurelle adaptiiviselle kehitykselle vastauksena koronavirusinfektioihin, joten MERS-CoV: hen johtava sukuhaara on saattanut kiertää lepakoiden populaatioissa pitkään ennen kuin ne on siirretty ihmisille.

Tarttuminen

Maailman terveysjärjestö totesi 13. helmikuuta 2013, että "riski ihmisten välisestä tartunnasta näyttää olevan hyvin pieni". MERS-CoV-tartunnan saaneet solut muodostavat vain 20% hengitysteiden epiteelisoluista, joten suuri määrä virioneja on todennäköisesti hengitettävä infektion aiheuttamiseksi.

Anthony Fauci , National Institute of Health , Bethesda, Maryland, totesi, että MERS-CoV "ei leviä pysyvästi ihmisestä toiseen", mutta pani merkille mahdollisuuden, että virus voi muuttua kantaan, joka välittää ihmisestä henkilölle. Terveydenhuollon työntekijöiden tartunta on kuitenkin aiheuttanut huolta tartunnasta ihmisestä toiseen.

Centers for Disease Control and Prevention (CDC) lista MERS kuin tarttuvien ihmisestä toiseen. He toteavat, että "MERS-CoV: n on osoitettu leviävän läheisten ihmisten välille. Myös tartuntaa sairastuneilta potilailta terveydenhuollon henkilöstölle on havaittu. Useiden maiden tapauksia tutkitaan parhaillaan."

Kuitenkin 28. toukokuuta CDC paljasti, että Illinoisin mies, jonka alun perin uskottiin olleen ensimmäinen henkilöiden välinen leviäminen (Indiana-miehestä liikekokouksessa), oli itse asiassa testannut negatiivista MERS: lle -CoV. Suoritettuaan täydentäviä ja lopullisia testejä neutraloivan vasta -ainemäärityksen avulla CDC: n asiantuntijat päättivät, että Indiana -potilas ei levittänyt virusta Illinoisin potilaalle. Testit osoittivat, että Illinoisin mies ei ollut aiemmin saanut tartuntaa. On mahdollista, että MERS on oireeton, ja varhaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että jopa 20 prosentissa tapauksista ei ole merkkejä aktiivisesta infektiosta, mutta niiden veressä on MERS-CoV-vasta-aineita.

Evoluutio

3D-malli MERS-CoV-piikkiproteiinista

Virus näyttää olevan peräisin lepakoista. Virus on eristetty lepakosta. Tämä virus on läheistä sukua Tylonycteris bat coronavirus HKU4 ja Pipistrellus bat coronavirus HKU5 . Serologiset todisteet osoittavat, että nämä virukset ovat saaneet kamelit vähintään 20 vuoden ajan. Useimpien ihmiskantojen viimeisin yhteinen esi -isä on päivätty maaliskuussa 2012 (95%: n luottamusväli joulukuusta 2011 kesäkuuhun 2012).

Uskotaan, että viruksia on esiintynyt lepakoissa jo jonkin aikaa ja ne ovat levinneet kameleihin 1990-luvun puoliväliin mennessä. Virukset näyttävät levinneen kameleista ihmisiin 2010 -luvun alussa. Alkuperäinen lepakkoisäntälaji ja tämän lajin alkuperäisen tartunnan aika on vielä määrittämättä. 238 isolaatin sekvenssien tutkiminen viittasi siihen, että tämä virus on kehittynyt kolmeksi kladeiksi, jotka eroavat kodonin käytöstä, isännästä ja maantieteellisestä jakautumisesta.

Luonnollinen säiliö

Aikaisemmat tutkimukset viittasivat siihen, että virus liittyy Egyptin hauta -lepakosta löytyneeseen virukseen . Syyskuussa 2012 Ron Fouchier arveli, että virus saattoi olla peräisin lepakoista. New Yorkin Columbian yliopiston epidemiologi Ian Lipkinin työ osoitti, että lepakosta eristetty virus näytti olevan yhteensopiva ihmisillä esiintyvän viruksen kanssa. 2c-beetakoronaviruksia havaittiin Ghanan Nycteris- lepakoissa ja Pipistrellus- lepakoissa Euroopassa, jotka ovat filogeenisesti sukua MERS-CoV-virukselle. Kuitenkin suuret luonnollinen säiliö, jossa ihmiset saavat virustartunnan jäi tuntemattomaksi, kunnes 9. elokuuta 2013 raportin lehdessä The Lancet Infectious Diseases osoitti, että 50 ulos 50 (100%) veren seerumin peräisin Omanin kameleita ja 15 105 (14% ) espanjalaisilta kamelilta oli proteiinispesifisiä vasta-aineita MERS-CoV-piikkiproteiinia vastaan. Eurooppalaisten lampaiden, vuohien, nautojen ja muiden kamelien veriseerumissa ei ollut vasta -aineita.

Pian 5. syyskuuta 2013 jälkeen Seroepidemiologinen tutkimus julkaistiin Eurosurveillance -lehdessä, jonka kirjoittivat RA Perera et ai. kun he tutkivat 1343 ihmisen ja 625 eläimen seerumia, MERS-CoV-spesifisen vasta-aineen runsas läsnäolo 108: ssa 110: stä Egyptin dromedary-kamelista, mutta ei muilla tämän alueen eläimillä, kuten vuohilla, lehmillä tai lampailla. Nämä ovat ensimmäiset ja merkittävät tieteelliset raportit, jotka osoittivat "dromedaarikameleiden" roolin MERS-CoV-säiliönä.

Tutkimukset ovat linkittäneet kamelit toisiinsa osoittamalla, että koronavirusinfektio dromedary-kamelvasikoilla ja aikuisilla vastaa 99,9% ihmisen klderin B MERS-CoV genomeihin. Ainakin yksi henkilö, joka on laskenut sairaita MERS tiedettiin kosketuksissa kamelit tai äskettäin juonut kamelinmaito . Saudi -Arabian ja Yhdistyneiden arabiemiirikuntien kaltaiset maat tuottavat ja kuluttavat suuria määriä kamelin lihaa . On mahdollista, että afrikkalaiset tai australialaiset lepakot kantavat virusta ja välittävät sen kameleille. Näiltä alueilta tuodut kamelit saattoivat kantaa viruksen Lähi -itään.

Vuonna 2013 MERS-CoV todettiin Qatarin navetassa pidetyn dromedary-kamelilauman kolmessa jäsenessä, mikä liittyi kahteen vahvistettuun ihmistapaukseen, jotka ovat sittemmin toipuneet. Terveysministeriön kansallinen kansanterveys- ja ympäristöinstituutti (RIVM) ja Erasmus Medical Center (WHO Collaborating Center), Alankomaat, vahvistivat MERS-CoV: n läsnäolon kamelissa . Yksikään kameli ei osoittanut mitään taudin merkkejä, kun näytteet kerättiin. Qatarin korkein terveysneuvosto neuvoi marraskuussa 2013, että ihmiset, joilla on perussairauksia, kuten sydänsairaus, diabetes, munuaissairaus, hengityselinsairaus, immuunipuutteiset ja vanhukset, välttävät läheisiä eläinkontaktteja käydessään tiloilla ja markkinoilla. käytä hyvää hygieniaa, kuten käsien pesua.

Joulukuussa 2013 julkaistu lisätutkimus Saudi-Arabian dromedaarikameleista paljasti MERS-CoV: n esiintymisen 90 prosentissa arvioiduista dromedaarikameleista (310). MERS: n eläinlähde.

27. maaliskuuta 2014 päivitetyn MERS-CoV-yhteenvedon mukaan viimeaikaiset tutkimukset tukevat sitä, että kamelit ovat ensisijainen lähde ihmisille MERS-CoV-tartunnan saaneille, kun taas lepakot voivat olla viruksen lopullinen säiliö. Todisteita ovat virusten esiintymistiheys kameleissa, joille ihmisaiheita on altistettu, seriologiset tiedot, jotka osoittavat laajalle levinneen kamelin, ja kamelin CoV: n samankaltaisuus ihmisen CoV: n kanssa.

6. kesäkuuta 2014 Arab News -lehti toi esiin New England Journal of Medicine -lehden viimeisimmät tutkimustulokset, joissa 44-vuotias Saudi-Arabian mies, joka piti yhdeksän kamelin laumaa, kuoli MERS: ään marraskuussa 2013. Hänen ystävänsä kertoivat todistavansa hän käytti ajankohtaista lääkettä yhden sairaan kamelinsa nenästä - neljä heistä oli kuulemma sairaita nenän vuotamisesta - seitsemän päivää ennen kuin hän itse sairastui MERSiin. Tutkijat sekvensoivat viruksen, joka löytyi yhdestä sairaasta kamelista, ja viruksen, joka tappoi miehen, ja havaitsivat, että heidän genominsa olivat identtiset. Samassa artikkelissa Arab News kertoi, että 6. kesäkuuta 2014 mennessä Saudi -Arabian kuningaskunnassa on raportoitu 689 MERS -tapausta, joista 283 on kuollut.

Taksonomia

MERS-CoV liittyy läheisemmin bat-koronaviruksiin HKU4 ja HKU5 (linja 2C) kuin SARS-CoV: ään (linja 2B) (2, 9), jakaessaan yli 90%: n sekvenssin identiteetin lähimpien suhteidensa kanssa, bat-koronavirukset HKU4 ja HKU5 ja sen vuoksi Kansainvälinen virusten taksonomiakomitea (ICTV) katsoi sen kuuluvan samaan lajiin .

  • Mnemoninen:
  • Taksonitunniste:
  • Tieteellinen nimi: Lähi -idän hengitystieoireyhtymä koronavirus
  • Yleinen nimi: MERS-CoV
  • Synonyymi: Vaikea akuutti hengitystieoireyhtymä koronavirus
  • Muut nimet:
  • Sijoitus:
  • Sukulinja:
Virukset
›SsRNA -virukset
›Ryhmä: IV; positiivisen tunteen , yksijuosteiset RNA-virukset
›Tilaus: Nidovirales
›Perhe: Coronaviridae
›Alaperhe: Coronavirinae
›Suku: Betakoronavirus
›Laji: Betacoronavirus 1 (yleisesti kutsutaan ihmisen koronavirukseksi OC43 ), ihmisen koronavirus HKU1 , hiiren koronavirus , Pipistrellus bat -koronavirus HKU5 , Rousettus bat -koronavirus HKU9 , vaikea akuutti hengitystieoireyhtymään liittyvä koronavirus , Tylonycteris bat -koronavirus HKU4 , MERS-CoV

Kannat:

  • Eristää:
  • Eristää:
  • NCBI

Tutkimus ja patentti

Saudi-Arabian virkamiehet eivät olleet antaneet luvan tohtori Zakille, joka oli ensimmäinen ihmiskannan eristäjä, lähettää näytteen viruksesta Fouchierille, ja he olivat vihaisia, kun Fouchier väitti patentin MERS-CoV: n koko geneettisestä sekvenssistä.

The Economistin toimittaja huomautti: "Turvallisuus ei saa hidastaa kiireellistä työtä. Tappavan viruksen tutkiminen on riskialtista. Sen tutkimatta jättäminen on riskialtista." Tohtori Zaki sai potkut sairaalasta, koska hän ohitti Saudi -Arabian terveysministeriön ilmoituksessaan ja jakoi näytteensä ja havaintonsa.

Maailman terveyskokouksen vuosikokouksessa toukokuussa 2013 WHO: n pääjohtaja Margaret Chan julisti, että immateriaalioikeudet tai uuden viruksen kantojen patentit eivät saisi estää kansoja suojelemasta kansalaisiaan rajoittamalla tieteellisiä tutkimuksia. Varaterveysministeri Ziad Memish ilmaisi huolensa siitä, että MERS-CoV-patentin saaneet tiedemiehet eivät salli muiden tutkijoiden käyttää patentoitua materiaalia ja viivyttävät siksi diagnostisten testien kehittämistä. Erasmus MC vastasi, että patenttihakemus ei rajoittanut MERS- ja MERS-CoV-tutkimuksia kansanterveydelle ja että virus- ja diagnostiset testit toimitettiin maksutta kaikille, jotka pyysivät tällaisia ​​reagensseja.

Kartoitus

MERS -koronaviruksen seurantaan on keskittynyt useita kartoitustoimia. 2. toukokuuta 2014 julkaistiin Corona -kartta MERS -koronaviruksen seuraamiseksi reaaliajassa maailmankartalla. Tiedot toimittavat virallisesti WHO tai kunkin maan terveysministeriö . HealthMap seuraa myös tapausraportteja sisällyttämällä uutiset ja sosiaalisen median tietolähteiksi osana HealthMap MERSia. Etelä-Korea sai tartunnan vuoden 2015 puolivälissä ja kuoli 38 ihmistä 186 tartuntatapauksen joukossa.

Katso myös

Viitteet

Ulkoiset linkit