Kromosomi 12 - Chromosome 12
Kromosomi 12 | |
---|---|
ominaisuudet | |
Pituus ( bp ) | 133275309 bp ( GRCh38 ) |
Nro geenien | 988 ( CCDS ) |
Tyyppi | Autosome |
Keskipisteen sijainti |
Submetacentric (35,5 Mbp) |
Täydelliset geeniluettelot | |
CCDS | Geeniluettelo |
HGNC | Geeniluettelo |
UniProt | Geeniluettelo |
NCBI | Geeniluettelo |
Ulkoiset kartan katseluohjelmat | |
Ensembl | Kromosomi 12 |
Entrez | Kromosomi 12 |
NCBI | Kromosomi 12 |
UCSC | Kromosomi 12 |
Täydet DNA -sekvenssit | |
RefSeq | NC_000012 ( FASTA ) |
GenBank | CM000674 ( FASTA ) |
Kromosomi 12 on yksi 23 paria kromosomeja on ihmisissä . Ihmisillä on yleensä kaksi kopiota tästä kromosomista. Kromosomi 12 kattaa noin 133 miljoonaa emäsparia ( DNA: n rakennusmateriaali ) ja edustaa 4–4,5 prosenttia solujen kokonais -DNA: sta .
Kromosomi 12 sisältää Homeobox C -geeniryhmän.
Geenit
Geenien lukumäärä
Seuraavassa on joitain arvioita ihmisen kromosomin 12 geenimääristä. Koska tutkijat käyttävät erilaisia lähestymistapoja genomien huomautuksiin, niiden ennusteet geenien lukumäärästä jokaisessa kromosomissa vaihtelevat (tekniset tiedot, katso geeniennuste ). Eri hankkeiden joukossa yhteistyöhön perustuva konsensuskoodausjärjestysprojekti ( CCDS ) on erittäin konservatiivinen. Joten CCDS: n geenimäärän ennuste edustaa alarajaa ihmisen proteiinia koodaavien geenien kokonaismäärälle.
Arvioi | Proteiinia koodaavat geenit | Ei-koodaavat RNA-geenit | Pseudogeenit | Lähde | Julkaisupäivä |
---|---|---|---|---|---|
CCDS | 988 | - | - | 2016-09-08 | |
HGNC | 995 | 318 | 545 | 2017-05-12 | |
Ensembl | 1033 | 1202 | 617 | 2017-03-29 | |
UniProt | 1032 | - | - | 2018-02-28 | |
NCBI | 1036 | 853 | 693 | 2017-05-19 |
Geeniluettelo
Seuraavassa on osittainen luettelo ihmisen kromosomin 12 geeneistä. Täydellinen luettelo on oikealla olevassa infolaatikossa.
- ACAD10 : koodaava proteiini Acyl -CoA-dehydrogenaasiperhe, jäsen 10
- ACSS3 : koodaava proteiini Acyl -CoA-syntetaasin lyhytketjuinen perheenjäsen 3
- ACVRL1 : aktiviini A -reseptorin tyypin II kaltainen 1f
- ANKRD33 : koodaava proteiini Ankyrin -toistotunnus 33
- APOF : koodaava proteiini Apolipoproteiini F
- APOLD1 : apolipoproteiini L -domeeni, joka sisältää 1
- ARL6IP4 : koodaava proteiini ADP-ribosylaation kaltainen tekijä 6 vuorovaikutuksessa oleva proteiini 4
- ARPC3 : koodaava proteiini Aktiiniin liittyvä proteiini 2/3 kompleksinen alayksikkö 3
- Asun : koodaava proteiini Proteiini as homolog (Asun)
- ATG101 : Autofagiaan liittyvä proteiini 101
- BCAT1 : koodaava proteiini Haarautuneen ketjun aminohappotransaminaasi 1
- C12orf42 : koodaava proteiini, jolle ei ole ominaista kromosomi 12, avoin lukukehys 42
- C12orf43 : koodaava proteiini. Ei luonnehdittu.
- C12orf60 : koodaava proteiini Tunnistamaton proteiini C12orf60
- CALCOCO1 : Kalsiumia sitova ja käämikäämiä sisältävä proteiini 1
- CBX5 : kromoboksin homologi 5
- CCDC53 : Kelattu kela-domeenia sisältävä proteiini 53
- CKAP4 : Sytoskeletoniin liittyvä proteiini 4
- CNOT2 : koodaava proteiini CCR4-NOT-transkriptiokompleksin alayksikkö 2
- CNPY2 : koodaava proteiini Canopy FGF -signalointisäädin 2
- CCDC42B : koodaava proteiini Coiled Coil Domain, joka sisältää proteiinia 42B
- COL2A1 : kollageeni, tyyppi II, alfa 1 (primaarinen nivelrikko, spondyloepiphyseal dysplasia, synnynnäinen)
- CRACR2A : koodaava proteiini Kalsiumin vapautumista aktivoiva kanavasäädin 2A
- CSRP2 : Kysteiini- ja glysiinipitoinen proteiini 2
- DDX23 : DEAD-box-helikaasi 23
- DDX47 : DEAD-box-helikaasi 47
- DHH : Desert -siilin proteiini
- DPPA3 : Pluripotenssiin liittyvä kehitysproteiini 3
- DPY19L2 : Dpy-19-kaltaista proteiinia 2 (C. elegans) koodaava
- E2F7 : E2F -transkriptiotekijä 7
- EMP1 : Epiteelikalvon proteiini 1
- ERGIC2 : proteiinia koodaava proteiini, jossa on 377 aminohappotähdettä
- FAM60A: koodaava proteiini FAM60A
- FAM186B : koodaava proteiini FAM186B
- GPD1 : koodaava proteiini Glyseroli-3-fosfaattidehydrogenaasi 1
- GOLT1B : Golgin kuljetus 1B
- GPN3 : koodaava entsyymi GPN-silmukka GTPaasi 3
- HNF1A-AS1 : koodaava proteiini HNF1A-antisense-RNA 1
- HPD : 4-hydroksifenyylipyruvaatti-dioksigenaasi
- IFFO1 : koodaava proteiini Intermediate -filamenttiperheen orpo 1
- KANSL2 : proteiinia KAT8 säätelevä NSL -kompleksin alayksikkö 2 (KANSL2)
- KCNA1 : kaliumjännitteellä suojatun kanavan alaperheen A jäsen 1 klo 12.13,32
- KDM2B : koodaava proteiini lysiini (K) -spesifinen demetylaasi 2B
- KERA : keratokaani
- KRAS : V-Ki-ras2 Kirsten-rotan sarkooman viruksen onkogeenihomologi
- LARP4 : koodaa proteiinia La-liittyvä proteiini 4
- LEPREL2 : koodaava entsyymi Prolyyli-3-hydroksylaasi 3
- LMBR1L : koodaava proteiini LMBR1L
- LRRC23 : koodaava proteiini Leusiinipitoista toistopitoista proteiinia 23
- LRRIQ1 : koodaa leusiinipitoisia proteiineja ja IQ-motiivi, joka sisältää 1
- LRRK2 : leusiinipitoinen toistokinaasi 2
- MBOAT5 : koodaava entsyymi Lysophospholipid asyltransferase 5
- METTL1 : koodaava tRNA- entsyymi (guaniini-N (7)-)-metyylitransferaasi
- MFAP5 : koodaava proteiini Mikrofibrilliin liittyvä proteiini 5
- MIR196A2 : koodaava mikroRNA MicroRNA 196a-2
- MMAB : metyylimalonihappouria (kobalamiinin puute) cblB -tyyppi
- MON2 : proteiinia koodaava proteiini MON2 -homologi
- MUCL1 : koodaava proteiini Mucin-kaltainen proteiini 1
- MYO1A : myosiini IA
- NANOG : NK-2-tyyppinen homeodomeenigeeni
- NAP1L1 : koodaava proteiini Nukleosomikokoonpanoproteiini 1-kaltainen 1
- NRIP2 : koodaava proteiini Ydinreseptorin kanssa vuorovaikutuksessa oleva proteiini 2
- NUDT4 : koodaava entsyymi difosfoinositolipolyfosfaattifosfohydrolaasi 2
- PAH : fenyylialaniinihydroksylaasi
- PIP4K2C : koodaava proteiini Fosfatidyylininositoli-5-fosfaatti-4-kinaasi, tyyppi II, gamma
- PIWIL1 : koodaava proteiini Piwi-kaltainen proteiini 1
- POP5 : koodaava entsyymi ribonukleaasi P/MRP -proteiini -alayksikkö POP5
- PPHLN1 : koodaava proteiini Periphilin-1
- PPP1R12A : proteiinifosfataasi 1, säätelevä (estäjä) subungfdit 12A
- PRB1 : koodaava proteiini Basic syljen proliinipitoinen proteiini 1
- PRB3 : koodaava proteiini Basic sylkiproliinipitoinen proteiini 3
- PRB4 : proteiinia koodaava emäksinen syljen proliinipitoinen proteiini 4
- PZP : koodaava proteiini Raskausvyöhykkeen proteiini
- PRH1 : koodaava proteiini Sylkihappoinen proliinipitoinen fosfoproteiini 1/2
- PRH2 : koodaava proteiini Proliinirikas proteiini HaeIII-alaperhe 2
- PRR4 : proteiinia koodaava Proliinipitoinen proteiini 4
- PTMS : koodaava proteiini Parathymosin
- PTPN11 : proteiinityrosiinifosfataasi, ei-reseptorityyppi 11 (Noonan-oireyhtymä 1)
- PUS1 : koodaava entsyymi tRNA pseudouridiinisyntaasi A
- PUS7L : koodaava entsyymi Pseudouridylate synthase 7 homologin kaltainen proteiini
- RAB3IP : koodaava proteiini RAB3A-vuorovaikutuksessa oleva proteiini
- RASSF8 : koodaava proteiini Ras-assosiaation domeenia sisältävä proteiini 8
- RASSF9 : koodaava proteiini Ras-assosiaation domeenia sisältävä proteiini 9
- RERG : koodaava proteiini RAS-kaltainen, estrogeenin säätelemä kasvun estäjä
- RNF34 : koodaava entsyymi E3 ubikvitiini-proteiiniligaasi RNF34
- SARNP : SAP-verkkotunnusta sisältävä ribonukleoproteiini
- Serpina3f : koodaava proteiini Seriini (tai kysteiini) peptidaasin estäjä, klade A, jäsen 3F
- SLC8B1 : liukoisen aineen kantajaperhe 8 -jäseninen B1
- TBC1D15 : koodaava proteiini TBC1 -domeeniperheen jäsen 15
- TBX3 : koodaa proteiinin T-box- transkriptiotekijää 3
- TCHP : koodaava proteiini Trikopleiinikeratiinifilamenttia sitova proteiini
- TESPA1 : koodaava proteiini, tymosyytti, ekspressoitu, positiivinen valinta 1
- THAP2 : proteiinia koodaava THAP-domeenia sisältävä proteiini 2
- TMTC1 : koodaava proteiini Transmembrane ja tetratricopeptide -toisto, joka sisältää 1
- TMEM117 : proteiinia koodaava transmembraaniproteiini 117
- TRAFD1 : proteiinia koodaava TRAF-tyyppinen sinkkisormen domeenia sisältävä proteiini 1
- TSFM : koodaava proteiini Venymätekijä Ts, mitokondrio
- TWF1 : twinfilin -1
- UNQ1887 :
- USP52 : koodaava entsyymi PAB-riippuvainen poly (A) -spesifinen ribonukleaasi-alayksikkö 2
- UTP20 : koodaava proteiini Pieni alayksikköprosessikomponentti 20 homologi
- VEZT : koodaava proteiini Vezatin
- YAF2 : proteiiniin YY1 liittyvä tekijä 2
- ZCCHC8 : proteiinia koodaava sinkkisormen CCHC-domeenia sisältävä proteiini 8
- ZFC3H1 : koodaava proteiini Sinkinsormen C3H1-tyyppinen
- ZNF26 : proteiinia koodaava sinkkisormiproteiini 26
- ZNF84 : koodaava proteiini Sinkin sormen proteiini 84
- ZNF268 : proteiinia koodaava sinkkisormiproteiini 268
- ZNF664 : proteiinia koodaava sinkkisormiproteiini 664
Sairaudet ja häiriöt
Seuraavat sairaudet ovat joitakin niistä, jotka liittyvät kromosomin 12 geeneihin:
- akondrogeneesi tyyppi 2
- kollagenopatia, tyypit II ja XI
- sarveiskalvo 2
- episodinen ataksia
- perinnöllinen verenvuotoinen telangiektasia
- hypochondrogenesis
- Siemensin ichthyosis bullosa
- Kniest -dysplasia
- Kabuki -oireyhtymä
- kypsyyden alkava diabetes nuorella tyypillä 3
- metyylimalonihappokemia
- narkolepsia
- epäsyndrominen kuurous
- Noonanin oireyhtymä
- Parkinsonin tauti
- Pallister-Killianin oireyhtymä ( tetrasomia 12p)
- fenyyliketonuria
- spondyloepimetaphyseal dysplasia, Strudwick -tyyppi
- spondyloepiphyseal dysplasia congenita
- spondyloperipheral dysplasia
- Sticklerin oireyhtymä , ( COL2A1 -sukuinen )
- Änkyttäminen
- Triosifosfaatti -isomeraasin puute
- tyrosinemia
- Von Willebrandin tauti
Sytogeneettinen bändi
Chr. | Arm | Bändi | ISCN -alku |
ISCN -pysäkki |
Perusparin aloitus |
Perusparin pysäytin |
Tahra | Tiheys |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
12 | s | 13.33 | 0 | 216 | 1 | 3 200 000 | gneg | |
12 | s | 13.32 | 216 | 345 | 3 200 001 | 5 300 000 | gpos | 25 |
12 | s | 13.31 | 345 | 633 | 5 300 001 | 100000000 | gneg | |
12 | s | 13.2 | 633 | 806 | 10000001 | 12 600 000 | gpos | 75 |
12 | s | 13.1 | 806 | 921 | 12 600 001 | 14 600 000 | gneg | |
12 | s | 12.3 | 921 | 1195 | 14 600 001 | 19 800 000 | gpos | 100 |
12 | s | 12.2 | 1195 | 1252 | 19 800 001 | 21 100 000 | gneg | |
12 | s | 12.1 | 1252 | 1526 | 21 100 001 | 26 300 000 | gpos | 100 |
12 | s | 11.23 | 1526 | 1655 | 26 300 001 | 27 600 000 | gneg | |
12 | s | 11.22 | 1655 | 1785 | 27 600 001 | 30 500 000 | gpos | 50 |
12 | s | 11.21 | 1785 | 1900 | 30 500 001 | 33 200 000 | gneg | |
12 | s | 11.1 | 1900 | 2015 | 33 200 001 | 35 500 000 | acen | |
12 | q | 11 | 2015 | 2116 | 35 500 001 | 37 800 000 | acen | |
12 | q | 12 | 2116 | 2562 | 37 800 001 | 46 000 000 | gpos | 100 |
12 | q | 13.11 | 2562 | 2706 | 46 000 001 | 48 700 000 | gneg | |
12 | q | 13.12 | 2706 | 2850 | 48 700 001 | 51 100 000 | gpos | 25 |
12 | q | 13.13 | 2850 | 3210 | 51 100 001 | 54 500 000 | gneg | |
12 | q | 13.2 | 3210 | 3383 | 54 500 001 | 56 200 000 | gpos | 25 |
12 | q | 13.3 | 3383 | 3498 | 56 200 001 | 57 700 000 | gneg | |
12 | q | 14.1 | 3498 | 3700 | 57 700 001 | 62 700 000 | gpos | 75 |
12 | q | 14.2 | 3700 | 3786 | 62 700 001 | 64 700 000 | gneg | |
12 | q | 14.3 | 3786 | 3959 | 64 700 001 | 67 300 000 | gpos | 50 |
12 | q | 15 | 3959 | 4203 | 67 300 001 | 71 100 000 | gneg | |
12 | q | 21.1 | 4203 | 4362 | 71 100 001 | 75 300 000 | gpos | 75 |
12 | q | 21.2 | 4362 | 4549 | 75 300 001 | 79 900 000 | gneg | |
12 | q | 21.31 | 4549 | 4837 | 79 900 001 | 86 300 000 | gpos | 100 |
12 | q | 21.32 | 4837 | 4894 | 86 300 001 | 88 600 000 | gneg | |
12 | q | 21.33 | 4894 | 5125 | 88 600 001 | 92 200 000 | gpos | 100 |
12 | q | 22 | 5125 | 5355 | 92 200 001 | 95 800 000 | gneg | |
12 | q | 23.1 | 5355 | 5571 | 95 800 001 | 101 200 000 | gpos | 75 |
12 | q | 23.2 | 5571 | 5643 | 101 200 001 | 103 500 000 | gneg | |
12 | q | 23.3 | 5643 | 5873 | 103 500 001 | 108 600 000 | gpos | 50 |
12 | q | 24.11 | 5873 | 6104 | 108 600 001 | 111 300 000 | gneg | |
12 | q | 24.12 | 6104 | 6219 | 111 300 001 | 111 900 000 | gpos | 25 |
12 | q | 24.13 | 6219 | 6334 | 111 900 001 | 113 900 000 | gneg | |
12 | q | 24.21 | 6334 | 6478 | 113 900 001 | 116 400 000 | gpos | 50 |
12 | q | 24.22 | 6478 | 6579 | 116 400 001 | 117 700 000 | gneg | |
12 | q | 24.23 | 6579 | 6737 | 117 700 001 | 120 300 000 | gpos | 50 |
12 | q | 24.31 | 6737 | 7083 | 120 300 001 | 125 400 000 | gneg | |
12 | q | 24.32 | 7083 | 7255 | 125 400 001 | 128 700 000 | gpos | 50 |
12 | q | 24.33 | 7255 | 7500 | 128 700 001 | 133 275 309 | gneg |
Viitteet
- Gilbert F, Kauff N (2000). "Sairausgeenit ja kromosomit: ihmisen genomin taudikartat. Kromosomi 12". Geenitesti . 4 (3): 319–33. doi : 10.1089/10906570050501588 . PMID 11142767 .
- Montgomery KT, Lee E, Miller A, Lau S, Shim C, Decker J, Chiu D, Emerling S, Sekhon M, Kim R, Lenz J, Han J, Ioshikhes I, Renault B, Marondel I, Yoon SJ, Song K , Murty VV, Scherer S, Yonescu R, Kirsch IR, Ried T, McPherson J, Gibbs R, Kucherlapati R (2001). "Korkean resoluution kartta ihmisen kromosomista 12" . Luonto . 409 (6822): 945–6. Bibcode : 2001Natur.409..945M . doi : 10.1038/35057174 . PMID 11237017 .
Ulkoiset linkit
- Kansalliset terveyslaitokset. "Kromosomi 12" . Genetics Home Reference . Arkistoitu alkuperäisestä 2007-06-12 . Haettu 2017-05-06 .
- "Kromosomi 12" . Ihmisen genomin projektitietoarkisto 1990–2003 . Haettu 2017-05-06 .